Compte tenu des différents objectifs d'Apistoria, l'association compte plusieurs commissions, parmi lesquelles on peut citer :

Inventaire
Cette commission recense les sites qui lui sont signalés par les membres ou des personnes extérieures. Dans ce but, elle a créé les fiches permettant la description systématique des ruchers découverts ou connus des membres. Elle est aussi en charge d'informatiser la base de données que constituent ces fiches.

Terminologie
Cette commission est en charge d'établir une nomenclature des divers termes apicoles, ceux-ci variant fortement d'une région à une autre, et ce afin que les membres d'Apistoria utilisent un vocabulaire commun.

Sauvegarde et préservation du patrimoine
Cette commission a pour but d'entreprendre des actions de préservation de sites menacés. Elle intervient principalement en informant et conseillant les municipalités ou les particuliers sur leur patrimoine apicole. Elle compte déjà plusieurs sauvetages à son actif, principalement des sites qui étaient menacés par des projets immobiliers, et qui plutôt que d'être détruits, sont maintenant intégrés et mis en valeur.

Réunions d'Apistoria
Cette commission est en charge d'organiser les deux réunions annuelles de l'association. A charge pour elle de trouver un lieu (généralement différent à chaque fois, pour pouvoir visiter de nouveaux sites), et de préparer la logistique. Jusqu'à présent, ces rencontres ont eu lieu en France, en Espagne et en Belgique.

Publications
Les travaux des membres d'Apistoria sont présentés lors des deux sessions annuelles de l'association. Ils sont ensuite publiés par cette commission dans les Cahiers d'Apistoria, revue d'une soixantaine de pages.

Internet
Commission chargée de faire connaitre Apistoria sur Internet, et de faire vivre ce site Web.

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